Manajemen PT. Bank Pembangunan Daerah Papua terdiri dari Dewan Komisaris dan Direksi yang dibantu oleh para Kepala Divisi.

Komisaris Direksi Kepala Divisi

Komisaris Utama Prof. Dr. Balthasar Kambuaya, MBA Lahir di Sorong, 1956 Menjabat sebagai Komisaris Bank Papua sejak 2002, Memperoleh gelar Master Business of Administration dari Business School University of Durham UK dan gelar Doktor dari Universitas Hasanuddin Makasar. Dan saat ini juga menjabat sebagai Rektor Universitas Cenderawasih. Komisaris Prof. Dr. Frans Wanggai Lahir di Serui, Desember 1944, Pendidikan terakhir Pasca Sarjana S3 Institut Pertanian Bogor tahun 1993. Menjabat sebagai Komisaris Bank Papua sejak tanggal 19 Juni 2008 Komisaris Drs. Tedjo Soeprapto, MM Lahir di Surakarta, Desember 1949, Meraih gelar Magister Manajemen pada Universitas Hasanuddin tahun 2002. Menjabat sebagai Komisaris Bank Papua sejak tanggal 19 Juni 2008. Komisaris Drs. Amos R Yap Lahir di Napan, Juli 1944, Pendidikan Terakhir Sarjana Pemerintahan Institut Ilmu Pemerintahan Jakarta. Menjabat sebagai Komisaris Bank Papua sejak tanggal 19 Juni 2008.