Perkembangan lingkungan usaha yang semakin cepat dan kompetitif menyebabkan risiko bisnis yang dihadapi oleh PT. Bank Papua semakin bervariasi dan kompleks. Untuk itu dibutuhkan kualitas sistem pengendalian yang terarah, terintegrasi dan berkesinambungan dengan menggunakan pendekatan pola modern banking. Dalam menjalankan usahanya bank menghadapi berbagai jenis risiko diantaranya :

1. Risiko Kredit
   Risiko kredit adalah risiko yang timbul sebagai akibat dari kegagalan nasabah membayar kewajibannya dalam waktu yang telah ditetapkan, pelanggaran perjanjian, dan jaminan tidak mencukupi, krisis ekonomi dll.
   
   
2. Risiko Pasar
   Risiko pasar adalah risiko yang timbul sebagai akibat dari fluktuasi nilai kurs dan perubahan yang cepat atas tingkat suku bunga.
   
   
3. Risiko Operasional
   Risiko operasional adalah risiko yang timbul sebagai akibat dari risiko teknologi, risiko SDM, penyesuaian operasional, risiko hukum dll. Untuk itulah manajemen PT. Bank Papua memandang perlu menetapkan kebijakan manajemen risiko dalam hubungannya dengan nasabah meliputi :
   
   
   • Pengawasan oleh pengurus bank.
     Komisaris melakukan pengawasan terhadap kebijakan Direksi, sedangkan Direksi melakukan pengawasan terhadap Penerapan Prinsip Mengenal Nasabah yang dilakukan pejabat operasional yang ditunjuk melalui tembusan laporan yang disampaikan kepada petugas khusus.
     
     
   • Pendelegasian wewenang, pemisahan tugas dan pengawasan intern.
     Dalam melaksanakan Penerapan Prinsip Mengenal Nasabah Direksi mendelegasikan kewenangannya menyesuaikan kepada hirarki/struktur organisasi yang berlaku di PT. Bank Papua dengan memegang prinsip pemisahan tugas antara pegawai/ pejabat yang fungsinya melaksanakan, memeriksa dan menyetujui.
     
     Prinsip-prinsip pengawasan intern hendaknya diterapkan sesuai aturan yang berlaku baik itu berupa pengawasan melekat maupun pengawasan secara sistem organisasi oleh Satuan Kerja Audit Intern (SKAI).
     
     
   • Program Pelatihan Karyawan mengenai Penerapan Prinsip Mengenal Nasabah.
     Divisi SDM berkoordinasi dengan unit terkait yang bertanggung jawab dalam melaksanakan Prinsip Mengenal Nasabah dengan melaksanakan pelatihan mengenai Penerapan Prinsip Mengenal Nasabah kepada seluruh pegawai.